Bjarne Ørskov Lindhardt blev medicinsk kandidat i 1982 fra Københavns Universitet. Hans disputats fra 1990 handlede om diagnostik af HIV-infektion. Han blev speciallæge i infektionsmedicin i 1995 og speciallæge i intern medicin i 1997. I årerne 1999-2001 tog han Diplomlederuddannelse for Sundhedssektoren.
Bjarne Ørskov Lindhardt har arbejdet som overlæge på Amtssygehuset i Gentofte, Rigshospitalet, Roskilde Sygehus og senest Hvidovre Hospital. Han blev ansat på Lungemedicinsk & Infektionsmedicinsk Afdeling i oktober 2008.
Bjarne Ørskov Lindhardt er lektor i infektionsmedicin og intern medicin ved Københavns Universitet. Hans er desuden assisterende redaktør af Ugeskrift for Læger (bl.a. med ansvar for lægemiddelområdet), formand for Lægemiddelstyrelsens Registreringsnævn og nytiltrådt formand for den lokale lægemiddelkomité på Hillerød Hospital.