Hillerød Hospital er opdelt i forskellige afdelinger, der med hver sine specialer, tilbyder borgerne undersøgelse og behandling:

• Akutafdelingen
• Kardiologisk & Endokrinologisk Afdeling
• Onkologisk & Palliativ Afdeling
• Lungemedicinsk & Infektionsmedicinsk Afdeling
• Nefrologisk Afdeling
• Neurologisk Afdeling med fysio- og ergoterapiafsnit
• Børneafdelingen
• Kirurgisk Afdeling
• Ortopædkirurgisk Afdeling
• Gynækologisk & Obstetrisk Afdeling
• Øre-, næse- & Halsafdelingen
• Anæstesiologisk Afdeling
• Billeddiagnostisk Afdeling
• Klinisk Mikrobiologisk Afdeling
• Klinisk Biokemisk afdeling
• Patologisk Afdeling
• Serviceafdelingen
• Teknisk Afdeling
• Køkken & Kantine

Herudover er der på Hillerød Hospital:

• Arbejdsmedicinsk Klinik (under ledelse fra Bispebjerg)
• Blodbank (under ledelse fra Rigshospitalet)
• Øjenafsnit (under ledelse fra Glostrup).

Endelig er der på Hillerød Hospital fire administrative afdelinger:

• IT- og Medicoteknik
• HR-afdeling
• Økonomiafdeling
• Kvalitetsafdelingen samt
• En hospitalsdirektion med tilhørende sekretariat og kommunikationsenhed.

Udefunktioner i Helsingør, Frederikssund og Hørsholm
Hillerød Hospital samarbejder tæt med de to nærhospitaler i Nordsjælland, Helsingør Hospital og Frederikssund Hospital, hvor Hillerød Hospital også driver enkelte specialafdelinger (også kaldet udefunktioner). Derudover drives Hillerød afsnittene på Hørsholm Hospital.

Samarbejde med hospitaler i regionen
Hospitalet samarbejder også med specialafdelinger på de øvrige hospitaler i regionen omkring særlige højtspecialiserede behandlinger.