Hillerød Hospital er opdelt i forskellige afdelinger, der med hver sine specialer, tilbyder borgerne undersøgelse og behandling. Fra 1. januar 2012 er der følgende afdelinger på Hillerød Hospital:

• Akutafdelingen
• Kardiologisk-, Nefrologisk- & Endokrinologisk Afdeling
• Onkologisk & Palliativ Afdeling
• Lungemedicinsk & Infektionsmedicinsk Afdeling  
• Neurologisk Afdeling med fysio- og ergoterapiafsnit
• Børneafdelingen
• Kirurgisk Afdeling
• Ortopædkirurgisk Afdeling
• Gynækologisk & Obstetrisk Afdeling
• Øre-, næse- & Halsafdelingen
• Anæstesiologisk Afdeling
• Billeddiagnostisk Afdeling
• Klinisk Biokemisk afdeling
• Serviceafdelingen
• Teknisk Afdeling
• Køkken & Kantine

Herudover er der på Hillerød Hospital:

• Blodbank (under ledelse fra Rigshospitalet)
• Klinisk Farmaceutisk Service 'Nord' (under ledelse fra Region Hovedstadens Apotek)
• Øjenafsnit (under ledelse fra Glostrup).
• Mammografi (under ledelse fra Herlev)
• Neurofysiologi (under ledelse fra Rigshospitalet)
• Patologisk Afdeling (under ledelse fra Herlev Hospital)
• Klinisk Mikrobiologisk Afdeling (under ledelse fra Herlev Hospital)

Endelig er der på Hillerød Hospital følgende administrative afdelinger og enheder:

•  Økonomi- og Personaleafdeling
• Kvalitetsafdelingen samt 
•  Hospitalsdirektion med følgende stabe:
• Direktionssekretariat
• Kommunikationsenhed
• Forskning og Innovation
• HR-Udvikling og arbejdsmiljø
• Nyt Hospital Nordsjælland

Fælles direktion for alle hospitaler i Nordsjælland 
Hillerød Hospital samarbejder tæt med de to nærhospitaler i Nordsjælland, Helsingør Hospital og Frederikssund Hospital). Der er én fælles direktion for alle tre hospitaler med hospitalsdirektør Suzanne Aaholm i spidsen.

Samarbejde med hospitaler i regionen
Hospitalet samarbejder også med specialafdelinger på de øvrige hospitaler i regionen omkring særlige højtspecialiserede behandlinger.